Tylko w 2006 roku resort wydał ponad 545 milionów złotych na modernizację starych zakładów karnych i aresztów śledczych oraz budowę nowych.
W opublikowanym raporcie NIK stwierdza, że inwestycje były realizowane zgodnie z prawem, choć nie obyło się bez nieprawidłowości i uchybień. Wiceprezes NIK Józef Górny powiedział, że występowały one na wszystkich etapach inwestycji.
Z raportu wynika, że Ministerstwo Sprawiedliwości chcąc przyspieszyć wykonanie inwestycji między innymi przyjmowało do realizacji nie zawsze dobrze przygotowane projekty, nie zawsze też zadbało o uregulowanie praw do gruntów czy uzyskanie wszystkich niezbędnych decyzji.
Dyrektor Czesława Rudzka-Lorentz podkreśliła, że omijana była także ustawa o zamówieniach publicznych. Inwestorzy mogli zlecać wykonanie pewnych zadań przywięziennym gospodarstwom pomocniczym, aby więźniowie mogli pracować. Tymczasem gospodarstwa te zlecały ich wykonanie innym podwykonawcom, i pobierały opłatę za pośrednictwo. Zdaniem dyrektor jest to działanie zgodne z prawem, ale absurdalne.
Kontrola prawidłowości przygotowania, przebiegu realizacji i rozliczania inwestycji budowlanych w resorcie sprawiedliwości dotyczyła lat 2004-2006.