Razem z 66 osobami jest uważany za współzałożyciela grupy terrorystycznej związanej z Al-Kaidą, która przygotowywała ataki na obiekty rządowe, siły bezpieczeństwa i enklawy wspólnoty chrześcijańskiej.\
Ciążą na nim również zarzuty szkolenia dżihadystów i przygotowywania ładunków wybuchowych. Sam oskarżony nie przyznaje się do winy.
Brat szefa Al-Kaidy Ajmana al-Zawahiriego został aresztowany w sierpniu 2013 roku na przedmieściach Kairu w ramach kampanii przeciwko zwolennikom obalonego przez wojsko islamistycznego prezydenta Mohammeda Mursiego.
Przed obaleniem Mursiego (w lipcu 2013 roku) wyznająca radykalną ideologię salaficka organizacja, której przewodniczył Mohammed Al-Zawahiri, działała w Egipcie jawnie. Po zmianie władzy dżihadystyczne ugrupowania nasiliły ataki na wojsko i policję, zabijając kilkuset egipskich żołnierzy i policjantów.
W tym samym czasie władze prowadziły bezwzględną rozprawę ze zwolennikami Mursiego. Siły bezpieczeństwa zabiły ponad 1400 ludzi, w większości islamistów.
Egipskie władze są oskarżane o wykorzystywanie sądownictwa do brutalnych represji, w wyniku których kilkadziesiąt tysięcy ludzi zostało uwięzionych, a kilkuset skazano na śmierć w procesach krytykowanych przez ONZ.