Kaczmarek jest podejrzany o złożenie fałszywych zeznań i utrudnianie śledztwa w sprawie przecieku akcji CBA w resorcie rolnictwa. Sędzia Wojciech Małek, rzecznik warszawskiego sądu poinformował, że postanowienie sądu dotyczy również Jaromira Netzla i Konrada Kornatowskiego. zatrzymanych 30 sierpnia wraz z Kaczmarkiem.
30 sierpnia, na polecenie prokuratury, policja zatrzymała Janusza Kaczmarka, byłego szefa policji Konrada Kornatowskiego oraz prezesa PZU Jaromira Netzla. Wszyscy trzej zostali aresztowani. Dwa dni później zostali zwolnieni z aresztu za poręczeniem majątkowym. Otrzymali również zakaz opuszczania kraju.
Sąd Rejonowy dla Warszawy-Mokotowa uznał zatrzymanie b. szefa MSWiA za "bezzasadne i nieprawidłowe". Tydzień później uznał także, że Kaczmarek nie musi wpłacać 100 tysięcy zł kaucji - jak chciała prokuratura. Może też opuszczać kraj. Kaczmarek miał jednak nadal dozór policyjny i zakaz kontaktów ze świadkami.
Kaczmarek został odwołany ze stanowiska szefa MSWiA 8 sierpnia 2007 roku. Premier Jarosław Kaczyński stwierdził wówczas, że znalazł się on w kręgu osób zamieszanych w przeciek informacji na temat akcji CBA w sprawie afery korupcyjnej w ministerstwie rolnictwa.